基因数据分析软件迁移-rstudio-server

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phluo 发表于 2021/11/11 15:37:28 2021/11/11
【摘要】 项目说明服务器TaiShan 200服务器(型号2280)CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网(可以访问谷歌)操作系统Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)安装rstudio需要优先准备R语言环境,R语言环境准备请参考,推荐安装4.1+版本:https://ic-openlabs....
项目 说明
服务器 TaiShan 200服务器(型号2280)
CPU 鲲鹏920 5250处理器
内存 无要求
存储 无要求
磁盘分区 /top空间建议保留100G+
网络 能访问互联网(可以访问谷歌)
操作系统 Kylin Linux Advanced Server V10 (Tercel)
  1. 安装rstudio需要优先准备R语言环境,R语言环境准备请参考,推荐安装4.1+版本:
    https://ic-openlabs.huawei.cn/chat/#/
    image.png
  2. 下载rstudio源码包到本地
    wget -c https://github.com/rstudio/rstudio/archive/refs/tags/v1.4.1717.zip -O rstudio.zip
  3. 解压源码包
    unzip rstudio.zip
  4. 进入解压目录
    cd rstudio-1.4.1717
  5. 进入依赖安装目录
    cd dependencies/linux
  6. 注释install-dependencies-yum行47、48行内容(yum源暂不包含,需要手工安装)
    image.png
  7. 修改rstudio-1.4.1717/dependencies/common/install-npm-dependencies为如下(默认下载的npm包为x86包)
    image.png
  8. 安装ant
    参考:https://ic-openlabs.huawei.cn/chat/#/
    image.png
  9. 如果是root用户,必须执行这条命令去除脚本中的sudo
    sed -i 's/^sudo//' ./install-dependencies-yum
  10. 执行命令安装依赖
    ./install-dependencies-yum
  11. 退出到rstudio-1.4.1717,创建并进入构建目录
    mkdir build
    cd build
  12. 执行编译(推荐指定安装目录)
    cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/yourpath/rstudio-1.4.1717 -DRSTUDIO_TARGET=Server -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
    make -j 96
    make install
  13. 执行启动前配置
    运行rstudio需要rstudio-server(默认)用户,因此需要创建用户
    useradd rstudio-server
    拷贝认证文件
    cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/pam/rstudio /etc/pam.d/
    给认证文件赋权
    chmod 744 /etc/pam.d/rstudio
    拷贝启动文件
    cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/systemd/rstudio-server.service /usr/lib/systemd/system/
    systemctl daemon-reload
    运行rsession打开会话需要普通用户,创建一个会话运行用户
    useradd test
    给会话运行用户设置密码
    echo 123456 | passwd --stdin test
    关闭防火墙
    systemctl stop firewalld
    !!!需要给rstudio的安装目录,R的安装目录及子目录赋读写执行权限(用户rstudio-server,test)!!!
  14. 启动rstudio
    systemctl start rstudio-server.service
  15. 检查8787端口是否监听
    netstat -antupl | grep 8787
  16. 访问(http://ip:8787,登入用户:test,密码:123456)
    image.png
  17. 备注:
    编译安装对网络要求较高,网络条件有限情况下,可以按需购买一台香港的云服务器,执行依赖安装后(步骤11)依赖会下载到/opt/rstudio-tools目录下,将此目录打包保存,后续编译将包解压到目的服务器上,解压到/opt/目录,则可无需依赖访问谷歌等网络需求
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